I 1996 stiftes Grønn Ungdom som nasjonal organisasjon, etter å ha eksistert i form av lokallag i flere år. Det settes ned et styre med Lisa Kara Fröyland som leder. Mandag 17. mars, 1997 blir Grønn Ungdoms første ordinære landsmøte holdt på De Grønnes lokaler i Oslo, og her valgte organisasjonen et landsstyre og sine to første talspersoner; Lisa Kara Fröyland og Brynmor Evans. De vedtok også sine første vedtekter, og et eget politisk program. Etter stiftelsesmøtet begynte de raskt å involvere seg internasjonalt. Sammen med Grön Ungdom i Sverige tok de initiativ til å opprette Nordens Grønne Ungdomsforbund, en paraplyorganisasjon for de grønne ungdomspartiene i Norden.
Mye av Grønn Ungdoms aktivitet foregikk i organisasjonens lokallag. Grønn Ungdom hadde lokallag i sju fylker, og aktiviteten var størst i Oslo, Trondheim og Tromsø. Gjennom sitt lokallag i Oslo deltok Grønn Ungdom aktivt i Fellesaksjonen mot gasskraft sammen med mange andre organisasjoner. Aksjonens mål var å protestere mot regjeringens planer om å opprette gasskraftverk i Norge
